The organisme anaerob benar-benar berlawanan dengan organisme aerobik, mereka tidak menggunakan oksigen diatomik untuk pertumbuhan, metabolisme dan diferensiasi, ini bekerja dengan senyawa yang berbeda, memberikan tempat subklasifikasi jika mikroorganisme mengatakan bekerja dengan senyawa kimia yang disebut piruvat mengatakan nya Metabolisme bersifat fermentatif (mereka menggunakan fermentasi), di sisi lain, itu adalah zat lain selain piruvat jika dikatakan bahwa itu adalah organisme yang mempraktikkan respirasi anaerobik.
Fermentasi terdiri dari memperoleh energi kimia dari proses katabolik dan oksidasi senyawa organik yang belum selesai atau tidak lengkap, menurut produk akhirnya dapat diklasifikasikan menjadi fermentasi alkohol karena menghasilkan etanol, fermentasi laktat menghasilkan asam laktat, fermentasi butirat, antara lain; respirasi anaerobik, pada bagiannya, terdiri dari rantai transpor elektron yang biasanya mirip dengan respirasi aerobik tetapi alih-alih akseptor terakhir adalah oksigen, dalam hal ini akan menjadi senyawa yang bersifat anorganik.
Seperti halnya bakteri aerob, terdapat juga bakteri anaerob yang dapat hidup tanpa oksigen, beberapa di antaranya ditemukan di dalam tubuh manusia di tempat yang tidak terdapat oksigen, seperti di usus besar yang berfungsi sebagai bakteri pembusuk. Feses, menurut ketahanannya terhadap oksigen, dapat diklasifikasikan sebagai: Bakteri anaerob obligat , tidak dapat tumbuh di daerah yang terdapat oksigen karena berbahaya dan dapat menyebabkan pemusnahannya, bakteri aerotolerant tidak akan pernah menggunakan oksigen untuk proses metabolisme mereka. tetapi dapat hidup di lingkungan beroksigen, anaerob fakultatifmereka dapat menggunakan oksigen sebagai akseptor elektron terakhir tetapi jika mereka berada di lingkungan di mana tidak ada oksigen, mereka menggunakan jalur fermentasi.
