Istilah intoleransi beragama mengacu pada bentuk intoleransi terhadap keyakinan atau praktik agama atau, jika tidak, kurangnya adat istiadat yang dimiliki seseorang atau kelompok. Hal ini dapat disebabkan oleh beberapa faktor, di antaranya dapat menyebutkan fakta memiliki keyakinan agama yang berbeda, memiliki ideologi yang berbeda, serta oleh fakta sederhana memiliki anti - sentimen agama. Sikap seperti ini bahkan bisa berujung pada agresifisik, verbal, psikologis, antara lain. Contoh nyata dari jenis intoleransi dalam penganiayaan agama yang ada di berbagai belahan dunia saat ini. Penyebab utama terjadinya jenis sikap masyarakat ini terutama karena tidak adanya toleransi beragama, kebebasan beragama dan pluralisme dalam kaitannya dengan agama.
Penting untuk dicatat bahwa tidak ada penyebab tunggal yang menjelaskan intoleransi beragama, namun ada kemungkinan untuk berbicara tentang argumen yang sangat umum di antara mereka yang mengamalkan satu agama dan tidak toleran terhadap yang lain. Argumen ini sangat sederhana: umumnya semua orang menganggap agama mereka adalah agama yang benar, oleh karena itu wajar bagi mereka untuk membantah mereka yang membela doktrin palsu, dari sudut pandang mereka.
Ini adalah fenomena setua asal mula agama. Pada zaman kuno ketika orang Kristen pertama melakukan ritual mereka, mereka harus bersembunyi di katakombe karena otoritas Romawi pada waktu itu tidak mentolerir kepercayaan semacam itu. Sejak zaman kuno, orang - orang Yahudi telah menjadi korban penganiayaan berkali-kali dalam sejarah mereka dan motivasi utama penganiayaan ini justru kebencian terhadap adat istiadat dan kepercayaan yang mereka pegang.
Di sisi lain, visi religius masyarakat pra-Columbus diperangi oleh orang Kristen ketika mereka tiba di benua Amerika. Bahkan di dalam agama Kristen sendiri telah terjadi kasus-kasus intoleransi terhadap doktrin-doktrin Kristen lainnya, yang diklasifikasikan sebagai bid'ah atau penyimpangan dari keimanan yang otentik. Semua kasus yang disebutkan ini merupakan tanda bahwa penolakan dan intoleransi terhadap kepercayaan orang lain telah menjadi sesuatu yang konstan yang terjadi sejak jaman dahulu dan berlanjut hingga hari ini.